Am 24. Mai 2006 brach gegen 23:22 Uhr in der Damentoilette des Museums durch einen Kurzschluss an einem Warmwassergerät ein Brand aus.
Durch die Deckenrauchmelder wurde der Alarm zur Zentrale des Rettungsdienstes im ersten Stockwerk des Gebäudes angezeigt.
Die Mitarbeiter der Zentrale haben Ihrerseits den Alarm zur Feuerwehr ausgelöst.
Die Feuerwehr war sehr schnell vor Ort und konnte somit größeren Schaden abwenden.
Die Toilettenanlage wurde durch die Hitze und Rauchentwicklung völlig zerstört. Der Flur und das Museumsbüro wurden durch die Rauchentwicklung ebenfalls in Mitleidenschaft gezogen.
Die Museumsräume wurden lediglich durch Rauchentwicklung mit Ruß bedeckt.
Nach Renovierung und Reinigung konnte das Museum am 29. August 2006 pünktlich zur "Langen Nacht der Museen" wieder eröffnet werden.